首先，兩者定義不同。賠償義務(wù)人是生態(tài)環(huán)境的直接破壞者，而補(bǔ)償義務(wù)人是生態(tài)環(huán)境產(chǎn)品和服務(wù)的受益者。垃圾填埋場造成生態(tài)環(huán)境破壞時(shí)，賠償義務(wù)人是填埋場的營運(yùn)者；正常營運(yùn)時(shí)，填埋場生態(tài)環(huán)境補(bǔ)償?shù)牧x務(wù)人則是填埋場服務(wù)區(qū)域的垃圾排放者。

此時(shí)，填埋場營運(yùn)單位恰恰是生態(tài)環(huán)境保護(hù)者。這如同排污企業(yè)把污染物治理委托第三方營運(yùn)，補(bǔ)償義務(wù)人是排污企業(yè)，而發(fā)生生態(tài)環(huán)境破壞事件后的賠償義務(wù)人卻是治污的第三方。同理，流域保護(hù)的補(bǔ)償義務(wù)人是下游的受益者，但流域破壞的賠償義務(wù)人是流域生態(tài)環(huán)境的破壞者，既非下游居民，也非流域保護(hù)者。

其次，兩者針對的生態(tài)環(huán)境損害程度具有質(zhì)的不同。賠償針對的生態(tài)環(huán)境損壞，是指達(dá)到了破壞生態(tài)環(huán)境以致生態(tài)系統(tǒng)功能退化的程度。換言之，生態(tài)環(huán)境出現(xiàn)或即將出現(xiàn)質(zhì)的退化，必須加以修復(fù)才可能恢復(fù)，甚至采取修復(fù)措施也不能恢復(fù)至初。

而補(bǔ)償針對的是造成生態(tài)環(huán)境輕微甚至潛在量變。這種變化雖然在標(biāo)準(zhǔn)允許的可控程度之內(nèi)，但補(bǔ)償權(quán)利人（受償人）卻因此在資產(chǎn)、發(fā)展機(jī)會、生活舒適性等方面遭受利益損失，需要利益補(bǔ)償。

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